Il suo nome riprende dalle foreste di cerri che crescono nelle aree circostanti e dalle origini antiche per la sua posizione strategica tra i terreni governati dai duchi di Spoleto.
Il borgo è anche conosciuto come “Paese dei Ciarlatani”, appellativo riconosciuto a Cerreto nel vocabolario della Crusca del 1612 e diffuso fin dal Cinquecento, quando i suoi abitanti erano descritti come: “Coloro che per le piazze spacciano unguenti, o altre medicine, cavano i denti o fanno giochi di mano che oggi più comunemente dicesi Ciarlatani […] da Cerreto, paese dell’Umbria da cui soleva in antico venir siffatta gente, la quale con varie finzioni andava facendo denaro”.
Le prime testimonianze del borgo risalgono all’inizio del 1200 e parlano di un castrum di epoca longobarda caratterizzato da varie torri di vedetta, con lo scopo di controllare le importanti vie del commercio che attraversavano le valli circostanti.
Durante il periodo medievale Cerreto di Spoleto raggiunse il massimo splendore, sebbene si trovò più volte a dover fronteggiare gli assalti della vicina Norcia e della stessa Spoleto. Nel 1446, dopo lunghe contese tra Chiesa e Impero che portarono anche a numerosi danneggiamenti del castello, venne infine sottomesso dallo Stato della Chiesa. Attenuatesi gli scontri, nel corso del Cinquecento varie torri di guardia vennero dismesse e trasformate in cave di pietra.
Dal 1926 al 1968 Cerreto di Spoleto (insieme al comune di Sellano e alla frazione di Borgo Cerreto) fu servita (tramite l’omonima stazione) dalla ferrovia Spoleto-Norcia, una linea a scartamento ridotto che collegava Spoleto con Norcia, che rimase in esercizio dal 1º novembre 1926 al 31 luglio 1968, quando fu soppressa. Le tracce della ferrovia sono quasi tutte conservate, il sedime è stato convertito in una pista ciclabile.